Kui käibemaksukohustuslane soetab teises liikmesriigis kaupu või saab teenuseid ning arve väljastatakse koos kohaliku käibemaksuga, võib teatud tingimustel tekkida õigus makstud käibemaksu sellest teisest liikmesriigist tagasi taotleda. Tagastamisprotseduur (inglise keeles VAT refund) puudutab eelkõige selliseid kaupu ja teenuseid, mille puhul ei saa kasutada pöördmaksustamist ehk rakendada nullmäära (näiteks majutus, autokütus, taksoarved ja ühistranspordipiletid, autorent, messide ja näituste piletid).
Soetatud kaubad ja saadud teenused peavad olema kasutatud asukohariigis toimuva ettevõtluse ja maksustatava käibe tarbeks. Perioodi jooksul, mille kohta tagastamistaotlus esitatakse (tagastamisperiood), ei tohi käibemaksukohustuslane omada tagastamisliikmesriigis majandustegevuse kohta, püsivat tegevuskohta, asu- või elukohta. Samuti ei tohi tagastamisperioodi jooksul võõrandada kaupa ega osutada teenust, mille käibe toimumise koht on tagastamisliikmesriik (v.a veoteenuse, selle kõrvalteenuse ja nende teenuste vahendamise teenuse osutamine, mis käibemaksuseaduse kohaselt on maksust vabastatud või maksustatakse 0% määraga, ning kauba võõrandamist või teenuse osutamist, mille puhul maksukohustus on kauba või teenuse saajal). Eestis registreeritud käibemaksukohustuslane peab teises liikmesriigis tasutud käibemaksu tagastamiseks esitama taotluse Eesti Maksu- ja Tolliametile, kes kontrollib taotluse struktuuri. Eesti maksuhaldur ei osale otsuse tegemise protsessis, vaid edastab taotluse vastava liikmesriigi maksuhaldurile, kes kontrollib taotluse sisulist osa ning määrab tagastatava käibemaksusumma. Käibemaksu tagastamistaotlus esitatakse elektrooniliselt e-maksuameti keskkonnas.
Tagastamisperiood ei tohi olla pikem kui kalendriaasta ning lühem kui kolm kuud (lühem kui kolmekuune periood on lubatud üksnes juhul, kui ajavahemik hõlmab kalendriaasta lõpuni jäänud aega). Taotlus tuleb esitada hiljemalt tagastamisperioodile järgneva kalendriaasta 30. septembriks. Käibemaksu tagastamise miinimummäär on 50 eurot kalendriaastas ja 400 eurot lühema perioodi puhul (või riigi vääringus väljendatud samaväärsed summad). Liikmesriik võib nõuda arvete skaneeritud koopiate lisamist taotlusele, kui maksustatav summa arvel on riigi vääringus väljendatuna samaväärne vähemalt 1000 eurot või kütuse puhul 250 eurot.
Taotluses peab näitama sisendkäibemaksu osalise mahaarvamise korral arvestatavat proportsiooni juhul, kui ettevõtja ei saa kogu sisendkäibemaksu oma asukohariigis maha arvata. Kui nimetatud proportsioon tagastamisperioodi lõpuks muutub, peab korrigeerima tagastatava käibemaksu summat. Lisaks tuleb arvestada, et liikmesriikidel on õigus tagastamisel kehtestada täiendavaid piiranguid, mistõttu on otstarbekas enne taotluse esitamist tutvuda tagastava riigi nõuetega. Üldjuhul on taotlejal õigus käibemaksu tagasi saada üksnes sellistelt kaupadelt ja teenustelt, millele on õigus tagastava riigi maksukohustuslasel.
Eesti maksuhaldur edastab taotluse tagastatava riigi maksuhaldurile 15 kalendripäeva jooksul. Tagastamisliikmesriik peab tegema otsuse 4 kuu jooksul alates taotluse vastuvõtmisest. Kui teise liikmesriigi maksuhaldur vajab täiendavaid andmeid, võib tagastamise tähtaeg pikeneda maksimaalselt 8 kuuni. Käibemaks tagastatakse hiljemalt 10 tööpäeva jooksul alates taotluse rahuldamise otsusest teatamisest.